在寧法神學院，一切的學習都從生命調整開始。剛入學時，學生將學習建造成為一個「傳道者的生命」；隨著傳福音的行動展開，學生將開始學習成為領人進深認識神的人，因此學院幫助學生學習建造出「門訓導師的生命」與「牧養者的生命」；隨著福音果效更多開展，學員建造微教會的可能性也隨之展開時，「教會建造者的生命」就需要開始被顧及；最後隨著微教會聚集與運作的展開，「教會外展者的生命」也需被建造，以幫助學員所建造的微教會，也成為一個回應大使命的教會。

隨著學生進入「傳道者生命」與「門訓導師生命」訓練的同時，學院也會將同時展開「佈道學程」與「門訓學程」，裝備學員佈道技巧與門訓他人的能力。本院門訓學程依照學生學習進程，區分為「門訓小子學程」、「門訓少年學程」與「門訓父老學程」，循序漸進帶領學生深入門訓工作。

而在學生進入「牧養者生命」、「教會建造者生命」與「教會外展者生命」的同時，學院也將同時展開「門徒牧養學程」、「教會牧養學程」、「教會建造學程」與「教會外展學程」，以建造學員相關牧養、建造與外展工作所需技能。

以下為目前寧法神學院預定之課程規劃：

 上課要求與課堂規範  

1. 為鼓勵在不同場域中生活的基督徒，繼續回應神對其當前生活場域之帶領，因此除約聘最好的師資外，亦同時盡可能將所有課程徹底精簡，因此寧法神學院的所有課程，皆為必修。

2. 所有學員皆須與導師一起，委身於團體學習。

3. 準時上下課，不遲到不早退。

4. 上課請假不得超過學院之規範，且需於規定時間內，依學院相關規定完成補課。

5. 所有課堂實踐行動，都由導師監督、帶領操作，學員需順服導師帶領。

6. 所有課程若有作業，導師皆需於督促學生於授課老師規範期限內完成，學生完成後，將作業繳交給上課點導師批閱。

 請假與補課規定  

1. 本院課程已甚為精簡，因此並不鼓勵請假缺課。但若因故而必須請假時，請向您所參與上課點的導師提出請假需要。

2. 學生請假次數，每半年不得超過該半年應到課總時數之1/5（比如，若半年共78小時課程，則該半年請假時數不得超過15小時）。若因特殊狀況致難以達成要求，應於請假總數尚未超過1/5前，向該班導師反應。

3. 學生請假，除因故無法如期請假者，皆需事先向該班導師反應。

4. 任何課程若有漏課，皆需補課。學員得在導師安排下，以遠端方式完成補課。（導師需告知教務處需補課的學員、內容與欲補課的時間，教務處會將相關課程內容再次供應給該上課點。）

 學籍保留規定  

1. 學生若因個人因素或上課請假次數超過規定，而無法繼續課堂學習時，得於導師同意下，申請學籍保留。

2. 經導師同意後，學生需通知本院教務處，辦理學籍保留。

3. 學籍保留手續完成後，該生需再次經導師同意成為該學生督導後，始能復學。

4. 學籍保留後，該學期已繳交之學費，不予退還。

5. 復學後，本院得視學費差額與當時規定，對該生收取相關之學費。

6. 所有學生僅有一次保留學籍與復學的機會，否則應辦理退學。

 旁聽規定  

本院自2018年起，所有課程僅開放給各上課點導師與學員學習，不接受任何旁聽。